学習目標
この章を読むことで、以下を習得できます:
- ✅ Daskの基本概念とアーキテクチャを理解する
- ✅ Dask ArrayとDask DataFrameを使いこなす
- ✅ 遅延評価とタスクグラフの仕組みを理解する
- ✅ Dask-MLでスケーラブルな機械学習を実装できる
- ✅ 並列計算パターンを適切に使い分けられる
- ✅ Daskクラスタを管理・最適化できる
3.1 Daskの概要
Daskとは
Daskは、Pythonネイティブな並列計算ライブラリで、NumPyやPandasのAPIと互換性を持ちながら、メモリに収まらないデータを処理できます。
「Dask = Pandas + 並列処理 + スケーラビリティ」- 既存のPythonコードを大規模データに拡張
Daskの主要な特徴
| 特徴 | 説明 | 利点 |
|---|---|---|
| Pandas/NumPy互換 | 既存のAPIをそのまま利用 | 学習コストが低い |
| 遅延評価 | 計算は必要になるまで実行されない | 最適化の余地 |
| 分散処理 | 複数マシンで並列実行可能 | スケーラビリティ |
| 動的タスクスケジューリング | 効率的なリソース利用 | 高速な処理 |
Daskのアーキテクチャ
インストールとセットアップ
import numpy as np
import pandas as pd
import dask
import dask.array as da
import dask.dataframe as dd
from dask.distributed import Client
import matplotlib.pyplot as plt
# Daskバージョン確認
print(f"Dask version: {dask.__version__}")
# ローカルクラスタの起動
client = Client(n_workers=4, threads_per_worker=2, memory_limit='2GB')
print(client)
# ダッシュボードURL(ブラウザで開ける)
print(f"\nDaskダッシュボード: {client.dashboard_link}")
出力:
Dask version: 2023.10.1
<Client: 'tcp://127.0.0.1:8786' processes=4 threads=8, memory=8.00 GB>
Daskダッシュボード: http://127.0.0.1:8787/status
Pandas vs Dask DataFrame
import pandas as pd
import dask.dataframe as dd
import numpy as np
# Pandasデータフレーム
df_pandas = pd.DataFrame({
'x': np.random.random(10000),
'y': np.random.random(10000),
'z': np.random.choice(['A', 'B', 'C'], 10000)
})
# Dask DataFrameに変換(4パーティションに分割)
df_dask = dd.from_pandas(df_pandas, npartitions=4)
print("=== Pandas DataFrame ===")
print(f"型: {type(df_pandas)}")
print(f"形状: {df_pandas.shape}")
print(f"メモリ使用量: {df_pandas.memory_usage(deep=True).sum() / 1024:.2f} KB")
print("\n=== Dask DataFrame ===")
print(f"型: {type(df_dask)}")
print(f"パーティション数: {df_dask.npartitions}")
print(f"列: {df_dask.columns.tolist()}")
# Daskは遅延評価:compute()で実際に実行
print("\n平均値の計算:")
print(f"Pandas: {df_pandas['x'].mean():.6f}")
print(f"Dask: {df_dask['x'].mean().compute():.6f}")
出力:
=== Pandas DataFrame ===
型: <class 'pandas.core.frame.DataFrame'>
形状: (10000, 3)
メモリ使用量: 235.47 KB
=== Dask DataFrame ===
型: <class 'dask.dataframe.core.DataFrame'>
パーティション数: 4
列: ['x', 'y', 'z']
平均値の計算:
Pandas: 0.499845
Dask: 0.499845
タスクグラフの可視化
import dask.array as da
# 簡単な計算のタスクグラフを可視化
x = da.random.random((1000, 1000), chunks=(100, 100))
y = x + x.T
z = y.mean(axis=0)
# タスクグラフの表示
z.visualize(filename='dask_task_graph.png', optimize_graph=True)
print("タスクグラフを dask_task_graph.png に保存しました")
# タスク数の確認
print(f"\nタスク数: {len(z.__dask_graph__())}")
print(f"チャンク数: {x.npartitions}")
重要: Daskは計算を自動的に最適化し、並列実行可能なタスクを特定します。
3.2 Dask Arrays & DataFrames
Dask Array:大規模NumPy配列
Dask Arrayは、NumPy配列をチャンクに分割し、並列処理を可能にします。
基本的な操作
import dask.array as da
import numpy as np
# 大規模な配列の作成(メモリに収まらないサイズ)
# 10GB相当の配列(10000 x 10000 x 100の float64)
x = da.random.random((10000, 10000, 100), chunks=(1000, 1000, 10))
print("=== Dask Array ===")
print(f"形状: {x.shape}")
print(f"データ型: {x.dtype}")
print(f"チャンクサイズ: {x.chunks}")
print(f"チャンク数: {x.npartitions}")
print(f"推定サイズ: {x.nbytes / 1e9:.2f} GB")
# NumPy互換の操作
mean_value = x.mean()
std_value = x.std()
max_value = x.max()
# 遅延評価のため、まだ計算されていない
print(f"\n平均値(遅延): {mean_value}")
# compute()で実際に計算を実行
print(f"平均値(実行): {mean_value.compute():.6f}")
print(f"標準偏差: {std_value.compute():.6f}")
print(f"最大値: {max_value.compute():.6f}")
出力:
=== Dask Array ===
形状: (10000, 10000, 100)
データ型: float64
チャンクサイズ: ((1000, 1000, ...), (1000, 1000, ...), (10, 10, ...))
チャンク数: 1000
推定サイズ: 80.00 GB
平均値(遅延): dask.array<mean_agg-aggregate, shape=(), dtype=float64, chunksize=(), chunktype=numpy.ndarray>
平均値(実行): 0.500021
標準偏差: 0.288668
最大値: 0.999999
線形代数操作
import dask.array as da
# 大規模行列演算
A = da.random.random((5000, 5000), chunks=(1000, 1000))
B = da.random.random((5000, 5000), chunks=(1000, 1000))
# 行列積(並列計算)
C = da.matmul(A, B)
print("=== 行列演算 ===")
print(f"A形状: {A.shape}, チャンク数: {A.npartitions}")
print(f"B形状: {B.shape}, チャンク数: {B.npartitions}")
print(f"C形状: {C.shape}, チャンク数: {C.npartitions}")
# SVD(特異値分解)
U, s, V = da.linalg.svd_compressed(A, k=50)
print(f"\n特異値分解:")
print(f"U形状: {U.shape}")
print(f"特異値数: {len(s)}")
print(f"V形状: {V.shape}")
# 上位5つの特異値を計算
top_5_singular_values = s[:5].compute()
print(f"\n上位5特異値: {top_5_singular_values}")
Dask DataFrame:大規模データフレーム
CSVファイルの読み込み
import dask.dataframe as dd
import pandas as pd
import numpy as np
# サンプルCSVファイルの作成(大規模データをシミュレート)
for i in range(5):
df = pd.DataFrame({
'id': range(i * 1000000, (i + 1) * 1000000),
'value': np.random.randn(1000000),
'category': np.random.choice(['A', 'B', 'C', 'D'], 1000000),
'timestamp': pd.date_range('2024-01-01', periods=1000000, freq='s')
})
df.to_csv(f'data_part_{i}.csv', index=False)
# Daskで複数CSVファイルを並列読み込み
ddf = dd.read_csv('data_part_*.csv', parse_dates=['timestamp'])
print("=== Dask DataFrame ===")
print(f"パーティション数: {ddf.npartitions}")
print(f"列: {ddf.columns.tolist()}")
print(f"推定行数: ~{len(ddf)}行") # compute()なしで推定可能
# データ型の確認
print(f"\nデータ型:")
print(ddf.dtypes)
# 最初の数行を表示(一部のみ計算)
print(f"\n最初の5行:")
print(ddf.head())
DataFrame操作
import dask.dataframe as dd
# グループ集計
category_stats = ddf.groupby('category')['value'].agg(['mean', 'std', 'count'])
print("=== カテゴリ別統計(遅延評価)===")
print(category_stats)
# compute()で実行
print("\n=== カテゴリ別統計(実行結果)===")
result = category_stats.compute()
print(result)
# フィルタリングと変換
filtered = ddf[ddf['value'] > 0]
filtered['value_squared'] = filtered['value'] ** 2
# 時系列集計
daily_stats = ddf.set_index('timestamp').resample('D')['value'].mean()
print("\n=== 日次平均(最初の5日)===")
print(daily_stats.head())
# 複数の計算を一度に実行(効率的)
mean_val, std_val, filtered_count = dask.compute(
ddf['value'].mean(),
ddf['value'].std(),
len(filtered)
)
print(f"\n全体統計:")
print(f"平均: {mean_val:.6f}")
print(f"標準偏差: {std_val:.6f}")
print(f"正の値の数: {filtered_count:,}")
パーティション最適化
import dask.dataframe as dd
# パーティションのリバランス
print(f"元のパーティション数: {ddf.npartitions}")
# パーティション数を調整(メモリとCPUのバランス)
ddf_optimized = ddf.repartition(npartitions=20)
print(f"最適化後のパーティション数: {ddf_optimized.npartitions}")
# インデックスによるパーティション分割
ddf_indexed = ddf.set_index('category', sorted=True)
print(f"\nインデックス設定後:")
print(f"パーティション数: {ddf_indexed.npartitions}")
print(f"既知のディビジョン: {ddf_indexed.known_divisions}")
# パーティションサイズの確認
partition_sizes = ddf.map_partitions(len).compute()
print(f"\n各パーティションのサイズ: {partition_sizes.tolist()[:10]}") # 最初の10個
ベストプラクティス: パーティションサイズは100MB-1GB程度が理想的です。
3.3 Dask-ML:スケーラブル機械学習
Dask-MLとは
Dask-MLは、scikit-learnのAPIを拡張し、大規模データセットでの機械学習を可能にします。
データ前処理
import dask.dataframe as dd
import dask.array as da
from dask_ml.preprocessing import StandardScaler, LabelEncoder
from dask_ml.model_selection import train_test_split
# 大規模データセットの作成
ddf = dd.read_csv('data_part_*.csv', parse_dates=['timestamp'])
# 特徴量の抽出
ddf['hour'] = ddf['timestamp'].dt.hour
ddf['day_of_week'] = ddf['timestamp'].dt.dayofweek
# ラベルエンコーディング
le = LabelEncoder()
ddf['category_encoded'] = le.fit_transform(ddf['category'])
# 特徴量とターゲットの分離
X = ddf[['value', 'hour', 'day_of_week', 'category_encoded']].to_dask_array(lengths=True)
y = (ddf['value'] > 0).astype(int).to_dask_array(lengths=True)
print("=== 特徴量 ===")
print(f"X形状: {X.shape}")
print(f"y形状: {y.shape}")
# データ分割
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(
X, y, test_size=0.2, random_state=42, shuffle=True
)
print(f"\n訓練データ: {X_train.shape[0].compute():,}行")
print(f"テストデータ: {X_test.shape[0].compute():,}行")
# 標準化
scaler = StandardScaler()
X_train_scaled = scaler.fit_transform(X_train)
X_test_scaled = scaler.transform(X_test)
print(f"\n標準化後のデータ型: {type(X_train_scaled)}")
増分学習(Incremental Learning)
from dask_ml.linear_model import LogisticRegression
from dask_ml.metrics import accuracy_score, log_loss
# ロジスティック回帰(増分学習)
clf = LogisticRegression(max_iter=100, solver='lbfgs', random_state=42)
# 並列学習
clf.fit(X_train_scaled, y_train)
# 予測
y_pred = clf.predict(X_test_scaled)
y_pred_proba = clf.predict_proba(X_test_scaled)
# 評価
accuracy = accuracy_score(y_test, y_pred)
loss = log_loss(y_test, y_pred_proba)
print("=== モデル性能 ===")
print(f"精度: {accuracy.compute():.4f}")
print(f"対数損失: {loss.compute():.4f}")
# 係数の確認
print(f"\nモデル係数: {clf.coef_}")
print(f"切片: {clf.intercept_}")
ハイパーパラメータチューニング
from dask_ml.model_selection import GridSearchCV
from dask_ml.linear_model import LogisticRegression
import numpy as np
# パラメータグリッド
param_grid = {
'C': [0.001, 0.01, 0.1, 1, 10],
'penalty': ['l1', 'l2'],
'solver': ['saga']
}
# グリッドサーチ(並列実行)
clf = LogisticRegression(max_iter=100, random_state=42)
grid_search = GridSearchCV(
clf,
param_grid,
cv=3,
scoring='accuracy',
n_jobs=-1
)
print("=== グリッドサーチ開始 ===")
print(f"パラメータ組み合わせ数: {len(param_grid['C']) * len(param_grid['penalty'])}")
# 学習(サンプリングしたデータで実行)
X_train_sample = X_train_scaled[:100000].compute()
y_train_sample = y_train[:100000].compute()
grid_search.fit(X_train_sample, y_train_sample)
print("\n=== グリッドサーチ結果 ===")
print(f"最良パラメータ: {grid_search.best_params_}")
print(f"最良スコア: {grid_search.best_score_:.4f}")
# 結果の詳細
results_df = pd.DataFrame(grid_search.cv_results_)
print("\nTop 3 パラメータ組み合わせ:")
print(results_df[['params', 'mean_test_score', 'std_test_score']].nlargest(3, 'mean_test_score'))
Random Forest with Dask-ML
from dask_ml.ensemble import RandomForestClassifier
from dask_ml.metrics import accuracy_score, classification_report
# ランダムフォレスト
rf_clf = RandomForestClassifier(
n_estimators=10,
max_depth=10,
random_state=42,
n_jobs=-1
)
print("=== ランダムフォレスト学習 ===")
rf_clf.fit(X_train_scaled, y_train)
# 予測
y_pred_rf = rf_clf.predict(X_test_scaled)
# 評価
accuracy_rf = accuracy_score(y_test, y_pred_rf)
print(f"精度: {accuracy_rf.compute():.4f}")
# 特徴量重要度
feature_importance = rf_clf.feature_importances_
feature_names = ['value', 'hour', 'day_of_week', 'category_encoded']
print("\n特徴量重要度:")
for name, importance in zip(feature_names, feature_importance):
print(f" {name}: {importance:.4f}")
パイプライン構築
from dask_ml.compose import ColumnTransformer
from dask_ml.preprocessing import StandardScaler, OneHotEncoder
from sklearn.pipeline import Pipeline
# 前処理パイプライン
numeric_features = ['value', 'hour', 'day_of_week']
categorical_features = ['category_encoded']
preprocessor = ColumnTransformer(
transformers=[
('num', StandardScaler(), numeric_features),
('cat', OneHotEncoder(), categorical_features)
]
)
# 完全なパイプライン
pipeline = Pipeline([
('preprocessor', preprocessor),
('classifier', LogisticRegression(max_iter=100, random_state=42))
])
print("=== パイプライン ===")
print(pipeline)
# パイプラインの学習と評価
pipeline.fit(X_train, y_train)
y_pred_pipeline = pipeline.predict(X_test)
accuracy_pipeline = accuracy_score(y_test, y_pred_pipeline)
print(f"\nパイプライン精度: {accuracy_pipeline.compute():.4f}")
3.4 並列計算パターン
dask.delayed:関数の遅延実行
dask.delayedは、任意のPython関数を遅延評価に変換します。
import dask
from dask import delayed
import time
# 通常の関数
def process_data(x):
time.sleep(1) # 処理に時間がかかるシミュレーション
return x ** 2
def aggregate(results):
return sum(results)
# 逐次実行
print("=== 逐次実行 ===")
start = time.time()
results = []
for i in range(8):
results.append(process_data(i))
total = aggregate(results)
print(f"結果: {total}")
print(f"実行時間: {time.time() - start:.2f}秒")
# 並列実行(dask.delayed)
print("\n=== 並列実行(dask.delayed)===")
start = time.time()
results_delayed = []
for i in range(8):
result = delayed(process_data)(i)
results_delayed.append(result)
total_delayed = delayed(aggregate)(results_delayed)
total = total_delayed.compute()
print(f"結果: {total}")
print(f"実行時間: {time.time() - start:.2f}秒")
# タスクグラフの可視化
total_delayed.visualize(filename='delayed_task_graph.png')
print("\nタスクグラフを delayed_task_graph.png に保存しました")
出力:
=== 逐次実行 ===
結果: 140
実行時間: 8.02秒
=== 並列実行(dask.delayed)===
結果: 140
実行時間: 2.03秒
注目: 4ワーカーで並列実行したため、約4倍高速化されました。
dask.bag:非構造化データ処理
import dask.bag as db
import json
# JSONファイルの作成(ログデータをシミュレート)
logs = [
{'timestamp': '2024-01-01 10:00:00', 'level': 'INFO', 'message': 'User login'},
{'timestamp': '2024-01-01 10:01:00', 'level': 'ERROR', 'message': 'Connection failed'},
{'timestamp': '2024-01-01 10:02:00', 'level': 'INFO', 'message': 'User logout'},
{'timestamp': '2024-01-01 10:03:00', 'level': 'WARNING', 'message': 'Slow query'},
] * 1000
with open('logs.json', 'w') as f:
for log in logs:
f.write(json.dumps(log) + '\n')
# Dask Bagでの読み込み
bag = db.read_text('logs.json').map(json.loads)
print("=== Dask Bag ===")
print(f"パーティション数: {bag.npartitions}")
# 各ログレベルの集計
level_counts = bag.pluck('level').frequencies()
print(f"\nログレベル別カウント:")
print(level_counts.compute())
# エラーログのフィルタリング
errors = bag.filter(lambda x: x['level'] == 'ERROR')
print(f"\nエラーログ数: {errors.count().compute():,}")
# カスタム処理
def extract_hour(log):
timestamp = log['timestamp']
return timestamp.split()[1].split(':')[0]
hourly_distribution = bag.map(extract_hour).frequencies()
print(f"\n時間別分布:")
print(hourly_distribution.compute())
カスタムタスクグラフ
import dask
from dask.threaded import get
# カスタムタスクグラフの定義
# DAG (Directed Acyclic Graph) 形式
task_graph = {
'x': 1,
'y': 2,
'z': (lambda a, b: a + b, 'x', 'y'),
'w': (lambda a: a * 2, 'z'),
'result': (lambda a, b: a ** b, 'w', 'y')
}
# タスクグラフの実行
result = get(task_graph, 'result')
print(f"=== カスタムタスクグラフ ===")
print(f"結果: {result}")
# 複雑なタスクグラフ
def load_data(source):
print(f"Loading from {source}")
return f"data_{source}"
def process(data):
print(f"Processing {data}")
return f"processed_{data}"
def merge(data1, data2):
print(f"Merging {data1} and {data2}")
return f"merged_{data1}_{data2}"
complex_graph = {
'load_a': (load_data, 'source_A'),
'load_b': (load_data, 'source_B'),
'process_a': (process, 'load_a'),
'process_b': (process, 'load_b'),
'final': (merge, 'process_a', 'process_b')
}
final_result = get(complex_graph, 'final')
print(f"\n最終結果: {final_result}")
並列map/apply
import dask.dataframe as dd
import pandas as pd
import numpy as np
# サンプルデータ
ddf = dd.from_pandas(
pd.DataFrame({
'A': np.random.randn(10000),
'B': np.random.randn(10000),
'C': np.random.choice(['X', 'Y', 'Z'], 10000)
}),
npartitions=4
)
# map_partitions: 各パーティションに関数を適用
def custom_processing(partition):
# パーティションごとのカスタム処理
partition['A_squared'] = partition['A'] ** 2
partition['B_log'] = np.log1p(np.abs(partition['B']))
return partition
ddf_processed = ddf.map_partitions(custom_processing)
print("=== map_partitions ===")
print(ddf_processed.head())
# apply: 各行に関数を適用
def row_function(row):
return row['A'] * row['B']
ddf['A_times_B'] = ddf.apply(row_function, axis=1, meta=('A_times_B', 'f8'))
print("\n=== apply ===")
print(ddf.head())
# 集計関数のカスタマイズ
def custom_agg(partition):
return pd.Series({
'mean': partition['A'].mean(),
'std': partition['A'].std(),
'min': partition['A'].min(),
'max': partition['A'].max()
})
stats = ddf.map_partitions(custom_agg).compute()
print("\n=== カスタム集計 ===")
print(stats)
3.5 Daskクラスタ管理
LocalCluster:ローカル並列処理
from dask.distributed import Client, LocalCluster
import dask.array as da
# LocalClusterの詳細設定
cluster = LocalCluster(
n_workers=4,
threads_per_worker=2,
memory_limit='2GB',
dashboard_address=':8787'
)
client = Client(cluster)
print("=== LocalCluster 情報 ===")
print(f"ワーカー数: {len(client.scheduler_info()['workers'])}")
print(f"スレッド数: {sum(w['nthreads'] for w in client.scheduler_info()['workers'].values())}")
print(f"メモリ制限: {cluster.worker_spec[0]['options']['memory_limit']}")
print(f"ダッシュボード: {client.dashboard_link}")
# ワーカー情報の詳細
for worker_id, info in client.scheduler_info()['workers'].items():
print(f"\nワーカー {worker_id}:")
print(f" スレッド: {info['nthreads']}")
print(f" メモリ: {info['memory_limit'] / 1e9:.2f} GB")
# 計算の実行
x = da.random.random((10000, 10000), chunks=(1000, 1000))
result = (x + x.T).mean().compute()
print(f"\n計算結果: {result:.6f}")
# クラスタのクローズ
client.close()
cluster.close()
分散スケジューラ
from dask.distributed import Client, progress
import dask.array as da
import time
# クライアントの起動
client = Client(n_workers=4, threads_per_worker=2)
# 大規模計算のスケジューリング
x = da.random.random((50000, 50000), chunks=(5000, 5000))
y = da.random.random((50000, 50000), chunks=(5000, 5000))
# 複数の計算を同時にスケジュール
results = []
for i in range(5):
result = (x + y * i).sum()
results.append(result)
# 進捗状況の表示
futures = client.compute(results)
progress(futures)
# 結果の取得
final_results = client.gather(futures)
print("\n=== 計算結果 ===")
for i, result in enumerate(final_results):
print(f"計算 {i + 1}: {result:.2f}")
# スケジューラの統計
print("\n=== スケジューラ統計 ===")
print(f"完了したタスク数: {client.scheduler_info()['total_occupancy']}")
print(f"アクティブなワーカー: {len(client.scheduler_info()['workers'])}")
パフォーマンス最適化
from dask.distributed import Client, performance_report
import dask.dataframe as dd
import dask.array as da
client = Client(n_workers=4)
# パフォーマンスレポートの生成
with performance_report(filename="dask_performance.html"):
# データフレーム操作
ddf = dd.read_csv('data_part_*.csv')
result1 = ddf.groupby('category')['value'].mean().compute()
# 配列操作
x = da.random.random((10000, 10000), chunks=(1000, 1000))
result2 = (x + x.T).mean().compute()
print("計算完了")
print("パフォーマンスレポートを dask_performance.html に保存しました")
# メモリ使用量の確認
memory_info = client.run(lambda: {
'used': sum(v['memory'] for v in client.scheduler_info()['workers'].values()),
'limit': sum(v['memory_limit'] for v in client.scheduler_info()['workers'].values())
})
print("\n=== メモリ使用状況 ===")
for worker, info in memory_info.items():
print(f"ワーカー {worker}: 使用率 N/A")
# タスク実行統計
print("\n=== タスク実行統計 ===")
print(f"処理されたバイト数: {client.scheduler_info().get('total_occupancy', 'N/A')}")
クラスタのスケーリング
from dask.distributed import Client
from dask_kubernetes import KubeCluster
# Kubernetesクラスタの設定(例)
"""
cluster = KubeCluster(
name='dask-cluster',
namespace='default',
image='daskdev/dask:latest',
n_workers=10,
resources={
'requests': {'memory': '4Gi', 'cpu': '2'},
'limits': {'memory': '8Gi', 'cpu': '4'}
}
)
client = Client(cluster)
# 動的スケーリング
cluster.adapt(minimum=2, maximum=20)
print(f"クラスタ情報: {cluster}")
"""
# ローカルでのアダプティブスケーリング
from dask.distributed import Client, LocalCluster
cluster = LocalCluster()
client = Client(cluster)
# ワーカー数を動的に調整
cluster.adapt(minimum=2, maximum=8)
print("=== アダプティブスケーリング ===")
print(f"最小ワーカー数: 2")
print(f"最大ワーカー数: 8")
print(f"現在のワーカー数: {len(client.scheduler_info()['workers'])}")
# 負荷をかけてスケーリングを確認
import dask.array as da
x = da.random.random((50000, 50000), chunks=(1000, 1000))
result = x.sum().compute()
print(f"\n計算後のワーカー数: {len(client.scheduler_info()['workers'])}")
モニタリングとデバッグ
from dask.distributed import Client
import dask.array as da
client = Client(n_workers=4)
# タスクの監視
x = da.random.random((10000, 10000), chunks=(1000, 1000))
future = client.compute(x.sum())
# タスクの状態確認
print("=== タスク状態 ===")
print(f"状態: {future.status}")
print(f"キー: {future.key}")
# 結果を待つ
result = future.result()
print(f"結果: {result:.6f}")
# ワーカーログの取得
logs = client.get_worker_logs()
print("\n=== ワーカーログ(最初のワーカー)===")
first_worker = list(logs.keys())[0]
print(f"ワーカー: {first_worker}")
print(logs[first_worker][:500]) # 最初の500文字
# タスクグラフの統計
print("\n=== タスクグラフ統計 ===")
print(f"タスク数: {len(x.__dask_graph__())}")
print(f"レイヤー数: {len(x.__dask_layers__())}")
3.6 本章のまとめ
学んだこと
Daskの基本
- Pandas/NumPy互換のAPI
- 遅延評価とタスクグラフ
- 分散並列処理の仕組み
Dask コレクション
- Dask Array: 大規模NumPy配列
- Dask DataFrame: 大規模データフレーム
- Dask Bag: 非構造化データ処理
Dask-ML
- スケーラブルな機械学習
- 増分学習とハイパーパラメータチューニング
- 前処理パイプライン
並列計算パターン
- dask.delayed: 関数の遅延実行
- dask.bag: 非構造化データ
- カスタムタスクグラフ
- map_partitions/apply
クラスタ管理
- LocalCluster: ローカル並列処理
- 分散スケジューラ
- パフォーマンス最適化
- 動的スケーリング
Daskのベストプラクティス
| 項目 | 推奨事項 |
|---|---|
| チャンクサイズ | 100MB-1GB程度が理想的 |
| パーティション数 | ワーカー数の2-4倍 |
| compute()の使用 | 複数の計算を一度にcompute()で実行 |
| persist()の活用 | 再利用するデータはメモリに保持 |
| インデックス設定 | sorted=Trueで高速なフィルタリング |
Spark vs Dask 比較
| 項目 | Spark | Dask |
|---|---|---|
| 言語 | Scala/Java/Python | Python専用 |
| API | 独自API | Pandas/NumPy互換 |
| 学習曲線 | 急 | 緩やか |
| エコシステム | 大規模・成熟 | 小規模・成長中 |
| 適用場面 | 超大規模バッチ処理 | 中規模・対話的処理 |
| メモリ管理 | JVMベース | Pythonネイティブ |
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第4章では、データベースとストレージ最適化を学びます:
- Parquet/ORCフォーマット
- カラムナーストレージ
- パーティショニング戦略
- データレイクアーキテクチャ
演習問題
問題1(難易度:easy)
DaskとPandasの主な違いを3つ挙げ、それぞれの特徴を説明してください。
解答例
解答:
実行モデル
- Pandas: 即座に実行(Eager Evaluation)
- Dask: 遅延評価(Lazy Evaluation)- compute()で実行
スケーラビリティ
- Pandas: メモリに収まるデータのみ
- Dask: メモリに収まらないデータも処理可能
並列処理
- Pandas: 単一プロセス
- Dask: 複数ワーカーで並列処理可能
使い分け:
- 小〜中規模データ(< 数GB): Pandas
- 大規模データ(> 10GB): Dask
- 複雑な集計・変換: Pandas(高速)
- 並列処理が必要: Dask
問題2(難易度:medium)
以下のコードを実行し、遅延評価の仕組みを確認してください。なぜ2つの出力が異なるのか説明してください。
import dask.array as da
x = da.random.random((1000, 1000), chunks=(100, 100))
y = x + 1
z = y * 2
print("1.", z)
print("2.", z.compute())
解答例
import dask.array as da
x = da.random.random((1000, 1000), chunks=(100, 100))
y = x + 1
z = y * 2
print("1.", z)
print("2.", z.compute())
出力:
1. dask.array<mul, shape=(1000, 1000), dtype=float64, chunksize=(100, 100), chunktype=numpy.ndarray>
2. [[1.234 2.567 ...] [3.890 1.456 ...] ...]
説明:
1つ目の出力(遅延オブジェクト):
zは遅延評価オブジェクトで、計算はまだ実行されていない- タスクグラフのみが構築されている状態
- メタデータ(形状、データ型、チャンクサイズ)のみ表示
2つ目の出力(計算結果):
compute()を呼ぶことで実際に計算が実行される- タスクグラフが実行され、結果がNumPy配列として返される
遅延評価の利点:
- 計算の最適化(不要な中間結果をスキップ)
- メモリ効率(必要な部分のみ計算)
- 並列実行の余地(タスクグラフ全体を見て最適化)
問題3(難易度:medium)
Dask DataFrameで1億行のデータを処理する際の適切なパーティション数を計算してください。各パーティションが約100MBになるようにします。1行あたり50バイトと仮定します。
解答例
解答:
# 与えられた情報
total_rows = 100_000_000 # 1億行
bytes_per_row = 50 # 1行あたり50バイト
target_partition_size_mb = 100 # 目標パーティションサイズ(MB)
# 計算
total_size_bytes = total_rows * bytes_per_row
total_size_mb = total_size_bytes / (1024 ** 2)
partition_count = total_size_mb / target_partition_size_mb
print("=== パーティション数の計算 ===")
print(f"総データサイズ: {total_size_mb:.2f} MB ({total_size_bytes / 1e9:.2f} GB)")
print(f"目標パーティションサイズ: {target_partition_size_mb} MB")
print(f"必要なパーティション数: {partition_count:.0f}")
print(f"各パーティションの行数: {total_rows / partition_count:,.0f}行")
# Dask DataFrameでの実装例
import dask.dataframe as dd
import pandas as pd
import numpy as np
# サンプルデータ(実際は1億行)
df = pd.DataFrame({
'id': range(1000000),
'value': np.random.randn(1000000)
})
# 計算したパーティション数で分割
npartitions = int(partition_count)
ddf = dd.from_pandas(df, npartitions=npartitions)
print(f"\nDask DataFrame:")
print(f" パーティション数: {ddf.npartitions}")
print(f" 各パーティションの推定サイズ: {total_size_mb / npartitions:.2f} MB")
出力:
=== パーティション数の計算 ===
総データサイズ: 4768.37 MB (5.00 GB)
目標パーティションサイズ: 100 MB
必要なパーティション数: 48
各パーティションの行数: 2,083,333行
Dask DataFrame:
パーティション数: 48
各パーティションの推定サイズ: 99.34 MB
ベストプラクティス:
- パーティションサイズ: 100MB-1GB
- パーティション数: ワーカー数の2-4倍
- メモリに収まるサイズに調整
問題4(難易度:hard)
dask.delayedを使って、以下の依存関係を持つタスクを並列実行してください。タスクグラフも可視化してください。
- タスクA, Bは並列実行可能
- タスクCはA, Bの結果を使用
- タスクDはCの結果を使用
解答例
import dask
from dask import delayed
import time
# タスク定義
@delayed
def task_a():
time.sleep(2)
print("タスクA完了")
return 10
@delayed
def task_b():
time.sleep(2)
print("タスクB完了")
return 20
@delayed
def task_c(a_result, b_result):
time.sleep(1)
print("タスクC完了")
return a_result + b_result
@delayed
def task_d(c_result):
time.sleep(1)
print("タスクD完了")
return c_result * 2
# タスクグラフの構築
print("=== タスクグラフ構築 ===")
a = task_a()
b = task_b()
c = task_c(a, b)
d = task_d(c)
print("タスクグラフ構築完了(まだ実行されていません)")
# タスクグラフの可視化
d.visualize(filename='task_dependency_graph.png')
print("タスクグラフを task_dependency_graph.png に保存しました")
# 実行
print("\n=== タスク実行開始 ===")
start_time = time.time()
result = d.compute()
end_time = time.time()
print(f"\n=== 結果 ===")
print(f"最終結果: {result}")
print(f"実行時間: {end_time - start_time:.2f}秒")
# 期待される実行時間
print(f"\n期待される実行時間:")
print(f" 逐次実行: 2 + 2 + 1 + 1 = 6秒")
print(f" 並列実行: max(2, 2) + 1 + 1 = 4秒")
出力:
=== タスクグラフ構築 ===
タスクグラフ構築完了(まだ実行されていません)
タスクグラフを task_dependency_graph.png に保存しました
=== タスク実行開始 ===
タスクA完了
タスクB完了
タスクC完了
タスクD完了
=== 結果 ===
最終結果: 60
実行時間: 4.02秒
期待される実行時間:
逐次実行: 2 + 2 + 1 + 1 = 6秒
並列実行: max(2, 2) + 1 + 1 = 4秒
タスクグラフの説明:
- AとBは依存関係がないため並列実行
- CはA, Bの完了を待つ
- DはCの完了を待つ
- 全体で約4秒(並列化により33%高速化)
問題5(難易度:hard)
Dask DataFrameで大規模なCSVファイルを読み込み、以下の処理を実行してください:
- 欠損値を含む行を削除
- 特定のカラムでグループ化し、平均を計算
- 結果をParquetファイルに保存
- パフォーマンスを最適化する
解答例
import dask.dataframe as dd
import pandas as pd
import numpy as np
import time
from dask.distributed import Client, performance_report
# サンプルデータの作成(大規模データをシミュレート)
print("=== サンプルデータ作成 ===")
for i in range(10):
df = pd.DataFrame({
'id': range(i * 100000, (i + 1) * 100000),
'category': np.random.choice(['A', 'B', 'C', 'D', 'E'], 100000),
'value1': np.random.randn(100000),
'value2': np.random.randn(100000),
'timestamp': pd.date_range('2024-01-01', periods=100000, freq='s')
})
# 意図的に欠損値を追加
df.loc[np.random.choice(100000, 1000, replace=False), 'value1'] = np.nan
df.to_csv(f'large_data_{i}.csv', index=False)
print("サンプルデータ作成完了")
# Daskクラスタの起動
client = Client(n_workers=4, threads_per_worker=2, memory_limit='2GB')
print(f"\nDaskクライアント: {client}")
# パフォーマンスレポート付きで処理
with performance_report(filename="processing_performance.html"):
print("\n=== Step 1: データ読み込み ===")
start = time.time()
# CSVファイルの並列読み込み
ddf = dd.read_csv(
'large_data_*.csv',
parse_dates=['timestamp'],
assume_missing=True
)
print(f"読み込み完了: {time.time() - start:.2f}秒")
print(f"パーティション数: {ddf.npartitions}")
print(f"推定行数: ~{len(ddf):,}行")
print("\n=== Step 2: 欠損値削除 ===")
start = time.time()
# 欠損値を含む行を削除
ddf_clean = ddf.dropna()
print(f"欠損値削除完了: {time.time() - start:.2f}秒")
print("\n=== Step 3: グループ集計 ===")
start = time.time()
# カテゴリ別の平均計算
result = ddf_clean.groupby('category').agg({
'value1': ['mean', 'std', 'count'],
'value2': ['mean', 'std', 'count']
})
# 計算の実行
result_computed = result.compute()
print(f"集計完了: {time.time() - start:.2f}秒")
print("\n集計結果:")
print(result_computed)
print("\n=== Step 4: Parquet保存 ===")
start = time.time()
# Parquetフォーマットで保存(パーティション分割)
ddf_clean.to_parquet(
'output_data.parquet',
engine='pyarrow',
partition_on=['category'],
compression='snappy'
)
print(f"保存完了: {time.time() - start:.2f}秒")
print("\n=== 最適化のポイント ===")
print("1. パーティション数を調整(データサイズに応じて)")
print("2. インデックスを設定(高速なフィルタリング)")
print("3. persist()で中間結果をメモリに保持")
print("4. Parquetで保存(カラムナーストレージ)")
print("5. パフォーマンスレポートで分析")
# パーティション最適化の例
print("\n=== パーティション最適化 ===")
# 元のパーティション数
print(f"元のパーティション数: {ddf.npartitions}")
# 最適化(ワーカー数の2-4倍が推奨)
n_workers = len(client.scheduler_info()['workers'])
optimal_partitions = n_workers * 3
ddf_optimized = ddf.repartition(npartitions=optimal_partitions)
print(f"最適化後のパーティション数: {ddf_optimized.npartitions}")
# インデックス設定による高速化
ddf_indexed = ddf_clean.set_index('category', sorted=True)
print(f"インデックス設定後: {ddf_indexed.npartitions}パーティション")
# クラスタのクローズ
client.close()
print("\nパフォーマンスレポート: processing_performance.html")
print("処理完了!")
出力例:
=== サンプルデータ作成 ===
サンプルデータ作成完了
Daskクライアント: <Client: 'tcp://127.0.0.1:xxxxx' processes=4 threads=8>
=== Step 1: データ読み込み ===
読み込み完了: 0.15秒
パーティション数: 10
推定行数: ~1,000,000行
=== Step 2: 欠損値削除 ===
欠損値削除完了: 0.01秒
=== Step 3: グループ集計 ===
集計完了: 1.23秒
集計結果:
value1 value2
mean std count mean std count
category
A 0.0012 0.999845 200145 -0.0008 1.000234 200145
B -0.0023 1.001234 199876 0.0015 0.999876 199876
C 0.0034 0.998765 200234 -0.0021 1.001345 200234
D -0.0011 1.000987 199987 0.0028 0.998654 199987
E 0.0019 0.999543 199758 -0.0013 1.000789 199758
=== Step 4: Parquet保存 ===
保存完了: 2.45秒
=== 最適化のポイント ===
1. パーティション数を調整(データサイズに応じて)
2. インデックスを設定(高速なフィルタリング)
3. persist()で中間結果をメモリに保持
4. Parquetで保存(カラムナーストレージ)
5. パフォーマンスレポートで分析
=== パーティション最適化 ===
元のパーティション数: 10
最適化後のパーティション数: 12
インデックス設定後: 5パーティション
パフォーマンスレポート: processing_performance.html
処理完了!
参考文献
- Dask Development Team. (2024). Dask: Scalable analytics in Python. https://docs.dask.org/
- Rocklin, M. (2015). Dask: Parallel Computation with Blocked algorithms and Task Scheduling. Proceedings of the 14th Python in Science Conference.
- McKinney, W. (2017). Python for Data Analysis (2nd ed.). O'Reilly Media.
- VanderPlas, J. (2016). Python Data Science Handbook. O'Reilly Media.
- Dask-ML Documentation. https://ml.dask.org/